Hạt sen sau khi đã bỏ hết tâm sen, rửa qua rồi cho vào nước lạnh đun sôi. Vớt sen ra xả nước cho bong hết lớp màng còn sót lại để khi ninh nước sen được trong.

Bóc 1/2 vỏ quả nhãn, cầm vào phần chưa bóc vỏ, dùng dao nhọn lách quanh cùi nhãn để cắt rời hạt nhãn ra khỏi phần cùi. Lấy tăm hoặc vật nhọn chọc thẳng từ dưới đáy quả nhãn để đẩy phần hạt nhãn trồi lên.

Tiếp tục đổ nước vào ninh sen, sen tươi rất mau chín nên sau khi nước sôi thì vặn lửa ở mức nhỏ nhất đun thêm 1-2 phút rồi tắt bếp. Hạt sen sẽ có độ chín bở mà lại không bị nát và làm đục nước.

Mỗi quả nhãn đặt một hạt sen vào bên trong làm nhân. Sau đó bóc nốt 1/2 phần vỏ còn lại, thả nhãn vào chén nước đun sôi để nguội, khuấy nhẹ cho rơi hết các bụi bẩn sót lại từ vỏ.

Nước ninh hạt sen ta thả đường phèn, liều lượng tùy vào khẩu vị thích ăn ngọt của mỗi người. Đun nhỏ lửa, vừa đun vừa khuấy cho đường tan hết, thả các quả nhãn đã bọc hạt sen vào nồi rồi tắt bếp, mở vung đợi chè nguội.

Xếp nhãn vào chén, quay phần cùi có lộ hạt sen lên trên, múc nước đường vào là ta đã hoàn thành xong bát chè sen nhãn thanh mát rồi. Để nguội rồi cho vào ngăn mát tủ lạnh, ăn mát hoặc thêm vài viên đá nếu thích.